実務の流れについては、大きく分けて次の通りになります。

  1. 社内体制の整備
  2. マイナンバー収集対象者の洗い出し
  3. マイナンバー収集対象者への周知と番号収集
  4. 本人確認
  5. 確認記録
  6. 番号登録記録
  7. 提出
  8. 消去
社内体制の整備
  • 特別チームの結成・マイナンバーを扱うのは総務人事部、支払調書などを作成する経理部門や番号保管で重要な役割を果たすシステム部門等あります。これらのメンバーを集め特別チームを結成します。
  • 特別チームでは、役割分担を明確にし、ミーティングを開催するなどして対応のモレや遅れがないようにする必要があります。
マイナンバー収集対象者の洗い出し
  • 従業員（役員、パート、アルバイトも含みます。）とその扶養家族
  • 報酬、料金、契約金および賞金の支払調書（弁護士、税理士、社会保険労務士などの外部専門家への報酬、有識者や各種講師などへの講演料、原稿料）があります。
  • 不動産関係の支払い調書（不動産賃貸における使用料等の支払調書・不動産等の譲受の対価の支払調書・不動産の売買または貸付のあっせん手数料の支払調書）などがあります。
  • 株主等への配当、剰余金の分配と基金利息の支払調書
マイナンバー収集対象者への周知と番号の収集
  • 現住所と住民票の住所が異なっている場合は異動手続きを進めることが大切です。
  • 通知カードの厳重保管もアナウンスしておきましょう。
  • 従業員に利用目的を明示したうえで、マイナンバーを収集します。2015年12月末現在に在籍している従業員については、年末調整の資料の配布・回収と同時に実施することが現実的だと考えられます。
本人確認
  • 番号確認（正しいマイナンバーであることの確認を言います。）
  • 身元確認（現に手続を行っている者がマイナンバーの正しい持ち主だと確認することを言います。
確認記録
  • マイナンバーまたは法人番号の受付けおよび本人確認の記録を保管します。
番号登録管理
  • マイナンバーまたは法人番号をデーターベースなどに登録し、アクセス権限などを適正に管理します。
提出
  • 法定調書や届け出などにマイナンバーを記載して、個人番号利用事務実施者である官公署などに提出します。
  • 提出後に個人番号利用事務実施者から記載したマイナンバーに関して修正を求められる場合もあるので、事業者は転記ミスなど生じていないか確認しなければなりません。修正を怠った場合は何らかのペナルティが科せられる恐れはあります。
消去
  • マイナンバー制度で特筆されるのは、「消去」である。企業のマイナンバー制度への対応のなかでも非常に重要なことであります。これは今までにない作業になります。
  • 法令の根拠に基づく利用がなくなったとき、保存しているマイナンバーを速やかに消去しなければなりません。
  • 例えば、扶養控除等申告書については「当該申告書の提出期限（毎年最初に給与等の支払いを受ける日の前日まで）に属する年の翌年１月１０日の翌日から７年を経過する日まで」保存します。脱税の更生・決定の期間なども考慮すると、税の法定調書では７年という期間が目安となります。
  • 継続的にマイナンバーを利用して税や社会保障の事務を行う場合は、法定調書や届け出を提出した後でもマイナンバーを保存することは可能です。いったん提供を受けたマイナンバーについては、マイナンバー法で定められた個人番号関係事務に継続的に利用することが予測される場合は、保管し続けることができます。
  • 消去の方法は個人番号をできるだけ速やかに復元できない手段で削除または廃棄する事とされています。