マイナンバーとその書類の関連法令に基ずく期間、保存や管理が必要となります。
関連法令がないことを理由に、長期間にわたって保管すべきではありません。

使用する業務が終わったら、できるだけ速やかに復元不可能な方法で廃棄しましょう。漏えいリスクが考えられるからです。

関係文書類別に保存期間を挙げてみます。

    1. 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書・配偶者特別控除申告書・保険料控除申告書は法定申告期限より７年間
    2. 給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書は課税関係終了日より７年間
    3. 源泉徴収簿は課税関係終了日より７年間
    4. 雇用保険被保険者関係（雇用保険被保険者資格取得等確認通知書、離職証明書の事業主控等）完結の日から４年間
    5. 労災保険に関する書類は完結の日から３年間
    6. 労働保険の徴収・納付等の関係書類は完結の日から３年間
    7. 健康保険・厚生年金保険に関する書類は完結に日から２年間

すなわち、上記のように利用目的がなくなった時点で、マイナンバーは廃棄しなければなりません。

廃棄にあたっては紙で保存する場合シュレッダーで裁断し処分できます。膨大な資料がある場合は溶解処理を行うサービスを活用するのも考えられます。
この場合「溶解処理証明書」等を提出してもらいましょう。